Na altamente esperada seqüência de MADAGASCAR, Alex, Marty, Melman, Gloria, Rei Julien, Maurice, os pingüins e os chimpanzés encontram-se esquecidos no longínquo litoral de Madagascar e resolvem bolar um plano tão doido que pode até dar certo.

Com precisão militar, os pingüins consertam – ou quase – um velho avião que caiu na ilha. Quando o primeiro vôo da Air Pingüim decola, essa atípica tripulação fica no ar apenas tempo suficiente para chegar o mais próximo possível da natureza – nas vastas planícies da África, onde as atrações do Zoológico de Nova York encontram espécies semelhantes a elas pela primeira vez na vida.